Justice League forsvinner, og skurker ser sitt snitt til å overkjøre Metropolis. Da er det bare ett lag som kan løse problemet: Scooby-Doo og gjengen! Men det er en ny hund i byen - Krypto - Superman's Superhund, som også har superkrefter. Mystery Inc. Kommer til å trenge all hjelpen de kan få når ånder og spøkelser truer Justice Leagues hovedkvarter. Har Lex Luthor endelig blitt lovlydig, eller står han i ledtog med Joker og Harley Quinn? DC Super-Villains har riktignok slåss mot Supermann før, men nå står de overfor noe nytt: en gjeng med barn, som blander seg inn!
